Die SOS-Kinderdorf-Stiftung wurde im Jahr 2003 durch den SOS-Kinderdorf. e.V. gegründet.
Der SOS-Kinderdorf e.V. ist Mitglied von SOS-Kinderdorf International. SOS-Kinderdorf International mit Sitz in Innsbruck/Österreich vereint sowohl die nationalen SOS-Kinderdorf-Vereine als auch die Fördervereine unter sich. In jedem Land, in dem es SOS-Kinderdörfer gibt, kümmert sich ein nationaler SOS-Kinderdorf-Verein um die Belange der Einrichtungen. In Deutschland ist dies der SOS-Kinderdorf e.V. Daneben gibt es vor allem in Europa Fördervereine, die sich ausschließlich um den Bau und Unterhalt von SOS-Kinderdorf-Einrichtungen primär in Afrika, Asien, Lateinamerika und Osteuropa kümmern.
Die SOS-Kinderdorf-Stiftung dient der Förderung, ideellen Verbreitung und praktischen Verwirklichung des Kinderdorfgedankens durch ein Sozialwerk und verwirklicht ihren Zweck insbesondere dadurch, dass sie Mittel für die Verwirklichung der steuerbegünstigten Zwecke des SOS-Kinderdorf e. V. beschafft. Zur Erfüllung dieser Aufgaben kann die Stiftung die Ressourcen des SOS-Kinderdorf e.V. nutzen.